为解决我国柑桔产业化发展与迎接加入WTO挑战中面临的一系列科技问题，“十五”期间我所主要科研发展方向仍以应用研究为主，与产业紧密结合，加大科技成果的推广力度，加强对资源优势的开发利用，同时适当注重基础性研究，争取在多个领域中处于国内领先水平，扩大在国内外同行中的影响；配合学校教学，加强研究生培养，推行产、学、研一体化。