1960年9月筹备建所，10月中国农业科学院柑桔研究所正式成立，园艺学家曾勉教授任所长，重庆市农业水利局局长张若千兼任副所长。

　　1962年1月底，我所迁至北碚歇马乡原重庆平板玻璃厂旧址暂住，并选定缙云山农场歇马分场为试验基地，1963年春搬至现址。

　　1971年1月，被下放给四川省农科院领导。

　　1979年1月，中国农业科学院将我所收回。同年10月调整了职能机构和研究室，撤销了品种研究室，成立品种资源研究室、育种研究室和土壤农化研究室。

　　1988年3月和1989年3月先后成立了贮藏加工研究室和上海试验站。

　　2001年9月9日，柑桔研究所并入西南农业大学，实行中国农业科学院与西南农业大学共建，以西南农业大学为主的管理体制，同时挂中国农业科学院柑桔研究所和西南农业大学研究院的牌子。

　　2005年7月，西南农业大学与西南师范大学合并组建教育部直属重点综合性大学、国家"211"工程建设学校――西南大学，柑桔研究所实行中国农业科学院与西南大学共建的管理体制，保留中国农业科学院柑桔研究所名称，同时署名西南大学柑桔研究所。

　　40多年的风雨历程，中国农业科学院柑桔研究所成果硕硕，在促进柑桔生产的发展、提高我国柑桔科学研究水平方面，做出了不可磨灭的贡献。